脈動真空滅菌器具有真空度高、物品不易氧化、壓力高溫度高滅菌時間短、滅菌物品合格率高等優點。
1 真空度好
下排汽滅菌器內室的空氣是靠蒸汽源的壓力來排除，排汽量和排汽時間人為控制，排汽不徹底。由于內室的排汽壓力只能達到0mpa，標志鍋內和鍋外的氣壓相等，內室空氣不能徹底排出，有空氣團存在，所以直接影響了蒸汽滅菌效果。
脈動真空滅菌器，內室的空氣是通過水環式真空泵三次脈動強行抽走，內室空氣團存在程度分析如下：真空泵通過對內室進行抽真空4分鐘，內室真空度可達到-0.086mpa，在次真空度下，內室抽出空氣為98%，剩余2%抽二次時，得到的效果為：（2%～2%×98%）× 98%=0.0392%。內室處于真空狀態，以敷料類滅菌程序為例說明描述真空狀態及整個滅菌過程。
蒸汽滅菌成功與否，與滅菌器中冷空氣的排除程度關系密切，空氣的存在對蒸氣滅菌不利主要有：①降低了蒸氣的分壓，達不到所示壓力的相關溫度。②阻凝微生物周圍濕度增加，使蛋白質變性時間延長。③空氣冷凝時體積縮小，遠不如蒸氣，由于它產生的局部負壓低，不利于熱穿透。綜上所述，對兩種滅菌器進行對比得出脈動真空滅菌器，真空度好，內室無空氣死角，利于蒸氣穿透物品。
2滅菌物品不易氧化
內室如果有空氣的存在,被滅菌物品在高溫高壓下被氧化不耐用。
下排汽滅菌內室空氣靠蒸汽進入進行重力置換，內室有空氣團存在，因此在臨床上出現上述物品、器械被氧化的表現。
脈動真空滅菌器內室空氣經真空泵強行抽走，上述計算公式分析結果表明，內室處于真空狀態，沒有空氣團存在。物品，器械不會出現上述被氧化現象。